Першою гербарною колекцією (біля 10 000 г.з.) Ніжинської вищої школи стали матеріали натураліста Антона Лук’яковича Анджейовського, який увійшов у історію біології як автор низки праць з ботаніки, палеонтології, геології та ін. З Ніжином пов’язані його останні роки педагогічної діяльності (1839-1841). У 1841 р., перед виходом у відставку, А. Анджейовський дарує свою персональну колекцію Університету Св. Володимира. Цей гербарій разом із зібраними А. Анджейовським матеріалами в околицях м. Ніжина свого часу був прилучений до двох університетських колекцій – В. Бессера та П. Роговича (Шиян, Лисенко, 2009) Пізніше разом з цими гербаріями він потрапив до фондів гербарію KW Інституту ботаніки НАН України. На сьогодні гербарій NZHU нараховує 4 939 одиниць зберігання.
За датою збору найстаріші зразки NZHU відносяться до 1908-1913 рр. Судячи з почерку колекторів, це зразки одного чи двох авторів, які були зібрані в околицях м. С.-Петербург, Петергоф (1908), в Курляндії та Ліфляндії (1912), в Брянській та Орловській губерніях (1913). Географія гербарних зборів, як для такої невеликої колекції, досить широка. В основному тут зберігаються зразки України (Донецька, Закарпатська, Київська, Одеська, Сумська, Харківська, Херсонська, Чернігівська області та АР Крим), присутні матеріали з Росії (Амурська, Архангельська, Брянська, Ленінградська, Орловська області та Західний Сибір), з Кавказу (Грузія), з Середньої Азії (Узбекистан), з Прибалтики.
Гербарій судинних рослин нараховує 3 407 г.з, що відносяться до 1 221 роду 600 родин флори України та інтродуцентів. Найпредставленішими за кількістю зразків у колекції є родини Asteraceae (348 г.з.), Poaceae (316 г.з.), Rosaceae (146 г.з.), Fabaceae (128 г.з.), Cuperaceae (125 г.з.), Ranunculaceae (111 г.з.), Caryophyllaceae (108 г.з.), Lamiaceae (109 г.з.), Scrophulariaceae (90г.з.). Інші родини представлені незначною кількістю зразків (від 60 до 1г.з.). Більша частина зразків зібрана в межах Чернігівської області. Ліхенологічна колекція NZHU нараховує 357 одиниць зберігання (о.з.). Це представники 12 родів, а саме: Anapticha, Biatora, Cladonia, Licidea, Lecanora, Physcia, Ramalia, Usnea, Xanthora.
Бріологічна колекція NZHU складається з представників 22 родів і нараховує 425 о.з. Тут наявні представники з Acrocladium, Amblystegium, Calliergon, Climacium, Dicranum, Drepanocladus, Funaria, Hyloeomium, Hypnum, Marschantie, Thuidium, Sphagnum.
Не фондовий матеріал гербарію попередньо оцінено нами 700-750 г.з. До нього відносяться матеріали студентських практик, експедиційні збори викладачів, наукові та ілюстративні матеріли до курсових, дипломних та магістерських робіт, тощо.
На сьогодні куратором наукового гербарію НДУ імені Миколи Гоголя є доцент Лисенко Геннадій Миколайович.
