Першою гербарною колекцією (біля 10 000 г.з.) Ніжинської вищої школи стали матеріали натураліста Антона Лук'яновича Анджейовського, який увійшов у історію біології як автор низки праць з ботаніки, палеонтології, геології та ін. З Ніжином пов'язані його останні роки педагогічної діяльності (1839-1841). У 1841 р., перед виходом у відставку, А. Анджейовський дарує свою персональну колекцію Університету Св. Володимира. Цей гербарій разом із зібраними А. Андржейовським матеріалами в околицях м. Ніжина свого часу був прилучений до двох університетських колекції - В. Бессера та ГТ. Роговича (Шиян, Лисенко, 2009). Пізніше разом з цими гербаріями він потрапив до фондів гербарію KW Інституту ботаніки НАН України.
Датою заснування власне гербарної колекції Ніжинського державного університету є 1934 р., коли було відкрито природничий факультет Педагогічного інституту в м. Ніжині. Саме з цього періоду, працею і ентузіазмом викладачів та студентів, накопичуються унікальні матеріали переважно з флори Чернігівщини. Аналізуючи гербарні збори нами встановлено, що фонди NZHU формувалися двома шляхами. По-перше, сюди увійшли власні колекції викладачів вузу, а саме: Веліканова - 337 г.з. з території Чернігівщини, Херсонщини та Архангельської обл. Росії; С. Михайловского - 410 г.з. з Чернігівцини; С. Мулярчука - 321 г.з. з Чернігівщини, Сумщини, Херсонщини, Криму, Кавказу; К. Семеніхіної - 336 г.з. з Чернігівщини та Середньої Азії; І. Солдатової - 240 г.з. з Чернігівщини та інших. По-друге, до гербарію NZHU потрапили збори дослідників- ентузіастів та студентів, серед них матеріали В. Аивпера, Л. Балашова, [?] Давидова, [?] Єфименко, [?] Жаровської, [?] Кадагашвілі, [?] Квача, Курсон, Г. Лисенко, Л. Лобань, І. Папулі, [?] Пушанко, [?] Решетняк, О. Сікачина, [?] Супрун, [?] У пливець, [?] Угрінського, Н. Шиян, та ін. Аналіз гербарних матеріалів за датою збору колекції судинних рослин свідчить, що 23% г.з. фондового гербарію складають матеріали особистих колекцій викладачів зібрані в період 1908-1930 рр. (783 г.з.).
На сьогодні гербарій NZHU нараховує 4 939 одиниць зберігання. Він складається з колекції судинних рослин, мохів, лишайників, містить морфологічний та екологічний навчальні гербарії, а також не фондовий матеріал.
За датою збору найстарші зразки NZHU відносяться до 1908 -1913 рр. Судячи з почерку колекторів, це зразки одного чи двох авторів, які були зібрані в околицях м. С.-Петербург, Петергоф (1908), в Курляндії та Ліфляндії (1912), в Брянській та Орловській губерніях (1913). Географія гербарних зборів, як для такої невеликої колекції, досить широка. В основному тут зберігаються зразки з України (Донецька, Закарпатська, Київська, Одеська, Сумська, Харківська, Херсонська, Чернігівська області та АР Крим), з Кавказу (Грузія), з Середньої Азії (Узбекистан), з Прибалтики.
Гербарій судинних рослин нараховує 3 407 г.з, що відносяться до 1 221 роду 600 родин флори України та інтродуцентів. Найпредставленішими за кількістю зразків у колекції є родини Asteraceae(348 г.з), Роасеае (316 г.з), Rosaceae(146 г.з), Fabасеае (128 г.з.), Сурегасеае (125 г.з.), Ranunculaceae (111г.з.), Caryophyllaceae(108 г.з.), Lamiaceae(109 г.з.), Scrophulariaceae(90 г.з.). Інші родини представлені незначною кількістю зразків (від 60 до 1 г.з.). Більша частина зразків зібрана в межах Чернігівської області. Матеріали колекції практично повністю визначені.
Ліхенологічна колекція NZHUнараховує 357 одиниць зберігання (о.з.). Це представники 12 родів, а саме: Anaptichia,Вiatora, Cetraria, Cladonia, Evernia, Licidea, Lecanora, Loboria, Phiscia, Ramalia, Usnea, Xanthora.
Бріологічна колекція NZHU складається з представників 22 родів і нараховує 425 о.з. Тут наявні представники з Acrocladium, Amblistegium, Aulacomnium,Calliergon, Climacium, Dicranum, Drepanocladus, Funaria, Huloeomium, Hypnum, Marschantie, Meesia, Mnium, Paludella, Plagioechilla, Rhacomitrium, Thuidium, Sphgnum.
Не фондовий матеріал гербарію попередньо оцінено нами в 700-750 г.з. До нього відносяться гербарні матеріали студентських практик, експедиційні збори викладачів, наукові та ілюстративні матеріали до курсових, дипломних та магістерських робіт, тощо.
Ботанічні колекції Ніжинського університету є цінним джерелом інформації про біорізноманіття Чернігівщини і використовується в ході навчального процесу та в науковій роботі спеціалістів.
Куратор гербарію: Лисенко Геннадій Миколайович, кандидат біологічних наук
