Ботанічний сад – база занять та практики з фармацевтичної ботаніки та фармакогнозії.
Ботанічний сад Ніжинського державного університету імені Миколи Гоголя є об’єктом природно-заповідного фонду України місцевого значення. Він розташований безпосередньо на території університету. Його історія налічує понад 200 років.
У період заснування навчального закладу (1805 рік) він був поділений на дві частини: Ліцейський і Графський сад. Перший знаходився ближче до Гімназії вищих наук і був місцем для прогулянок тодішніх студентів, які відвідували його під час навчань. Як правило, такі прогулянки здійснювалися декілька разів на день і були обов’язковими. За межею Ліцейського саду був розташований Графський сад. Його могли відвідувати всі бажаючі, у тому числі й гімназисти і навіть вже без нагляду викладачів. На початку ХХ століття Графський сад почали називати парком, а Ліцейський сад – Інститутським садом. Це було пов’язано із реорганізацією навчального закладу (виникненням Ніжинського історико-філологічного інституту).
На початку 30-х років 20 ст. ботанічний сад був одним з кращих в Україні. Тут було зібрано понад 160 видів трав’янистих, 90 видів деревних порід і кущів та розвивався за напрямком колекціонування рослин. У ньому були зібрані рослини, які об’єднали у такі групи: місцеві культури; культурні рослини України, Європи, Сибіру, Далекого Сходу, Середньої Азії, Кавказу, Криму, Китаю, Японії, Північної Америки, Афганістану, Індії, Маньчжурії, Болгарії, островів Середземного моря, Італії, Англії, Німеччини, Голландії. Саме у цей період на території саду з’явився реліктовий вид Гінкго дволопатевий. У біологічному саду було сформовано 8 відділів: ботанічної систематики; лікарських рослин; фізіології рослин; селекції рослин; акліматизації рослин; фітопатології; руху рослин – «квітковий годинник», а також помологічний розплідник.
Працівники ботанічного саду під керівництвом В.А. Святогора, а з 1934 р. К.Т. Клименка вели роботу з селекції рослин, акліматизації, фізіології (стимуляція рослин: термостимуляції, фотостимуляції штучних мутацій, екологічного впливу оточення) тощо. Під час експериментальної роботи було виділено нову олійну рослину із роду Euphorbiaceal, яка відрізнялась високою олійністю, випробувано на вистигання в умовах Ніжинщини нові технічні культури: бавовник, кенаф, канатник, італійські та індійські коноплі, сою, сафлор, арахіс, кунжут, мам, судзу, змієголовник, лялеманцію, квізотію та інші рослини (кожна декількох сортів – від одного до двадцяти). Також були зібрані для сортовипробування різні сорти садово-ягідних та городніх рослин. На той час ботанічний сад підтримував зв’язок із 106 науково-дослідними установами СРСР.
На кінець 1940 року площа ботанічного саду зросла до 5 га. При цьому змінювалась і його структура. Він мав такі відділи: систематики, квітникарства, інтродукції та акліматизації, колекційного, експериментального, плодово-ягідного, дендрологічного, деревного розплідника, оранжереї, парникового розплідника, пришкільної ділянки. Спеціальним наказом від 6 грудня 1940 року Ботанічний сад університету був рекомендований Народним комісаріатом освіти УРСР, як позитивний зразок для наслідування.
У цей час активно велась селекційна робота над персиком, абрикосом, виноградом, малиною, рисом, сорго, просом, коріандром та огірком. Отримані перспективні форми цих рослин поширювались у господарствах. Для прикладу можна привести значну роботу, яку провів ботанічний сад над огірком сорту Ніжинський. Саме тут були розроблені агрономічні правила вирощування цієї культури. Цінним надбанням була колекція тропічних і субтропічних рослин. Вона була представлена 168 видами та формами. Суттєвою також була робота по акліматизації декоративних дерев та кущів.
Під час окупації м. Ніжин німецькими військами ботанічний сад зазнав серйозних збитків – були знищені та пограбовані колекції рослин.
Планомірна робота з відновлення ботанічного саду розпочалась з 1948 року, відновилась навчальна та наукова робота.
Під керівництвом Каленика Трохимовича Клименка в цей час були виведені нові сорти морозостійких абрикосів. Якщо в 1949 році їх було лише декілька, то вже 1951 року кількість таких сортів збільшилася до 14.
На сьогодні агробіостанція має відділи лікарських рослин, систематики, квітникарства, захищеного ґрунту та дендрологічний відділ. Вони розміщені на площі 4,8 га. Відділ систематики рослин та дендрарій налічує понад 100 видів рослин. На навчально-дослідній земельній ділянці розміщуються відділи польових і овочевих культур, колекційний та селекційно-генетичний.
На сьогодні у ботанічному саду проводяться навчальні заняття, практики, крім того, вона є біологічною лабораторією під відкритим небом, для проведення практичних робіт, спостережень, наукових досліджень, екскурсій протягом усього навчального року.
