На сьогодні музей має три зали, матеріали в яких розміщені за хронологічним принципом.

Перший зал присвячений першим сторінкам історії нашого навчального закладу з часів його за­снування - 1805 року. Серед експонатів цього залу: копія указу імператора Олександра І із дозволом на будівництво в Ніжині навчального закладу, баре­льєфи братів Безбородьків - Олександра та Іллі, за­сновників Гімназії вищих науку Ніжині, атестат гімна­зиста часів Юридичного ліцею, нагрудні значки вик­ладача та студента Історико-філологічного інституту, фізичні прилади першої половини XIX ст. тощо.

У різні часи наш навчальний заклад змінював назви та профілі підготовки: Гімназія вищих наук князя Безбородька (1820-1832), Фізико-матема-тичний ліцей (1832-1840), юридичний ліцей (1840-1875), Історико-філологічний інститут (1875-1919). Саме цей період висвітлюється у фотокартках, документах, експонатах першого залу.

Складному та неоднозначному періоду Радян­ського союзу та діяльності вузу в ці роки присвячена друга кімната, експозиція якої охоплює період з 1920 по 1995 pp. Роки громадянської війни, сталінські репресії, період Великої Вітчизняної війни, повоєнні роки, фундаментальні 60-70-ті та перші роки незалежності - ось ті основні віхи, які висвітлені в експонатах цього залу.

Наша сучасність, сьогодення університету знайшли своє втілення в матеріалах, що знаходяться у третьому залі музею. Чим зараз живе вуз, які струк­тури, факультети, підрозділи, кафедри функ­ціонують, та багато іншого - про все це можна дізнат­ися з експонатів цієї кімнати, що постійно оновлюється.