Науково-навчальні, навчально-наукові, освітньо-наукові лабораторії
- Навчально-наукова лабораторія з біохімічних та медико-валеологічних досліджень. Науковий керівник – д. мед. н., проф. Мхітарян Л. С.
- Навчально-наукова лабораторія селекції рослин
- Навчально-наукова лабораторія мистецької освіти імені О. Я. Ростовського. Науковий керівник – к. пед. н., доц. Дворник Ю. Ф.
- Навчальна науково-дослідна археологічна лабораторія. Науковий керівник – к. і. н., доц. Кедун І. С.
- Навчально-наукова лабораторія прикладних регіональних досліджень кафедри географії, туризму та спорту. Науковий керівник – д. г. н., проф. Барановський М. О.
- Лабораторія лінгвокультурології. Науковий керівник – д. філол. н., проф. Бондаренко А. І.
- Освітньо-наукова лабораторія кафедри географії, туризму та спорту. Науковий керівник - к. г. н., доц. Шовкун Т. М.
- Науково-навчальна лабораторія інфрачервоної спектроскопії. Науковий керівник – д. ф.-м. н., проф. Мельничук О. В.
- Лабораторія синтезу та вивчення властивостей біологічно активних сполук Ніжинського державного університету імені Миколи Гоголя та Інституту біоорганічної хімії та нафтохімії ім. В.П. Кухаря НАН України. Науковий керівник – д. х. н., проф. Суховєєв В. В.
- Спільна навчально-наукова лабораторія когнітивної психології особистості Ніжинського державного університету імені Миколи Гоголя та Інституту психології імені Г.С. Костюка НАПН України.
Центри
- Центр експериментальних археологічних досліджень при навчальній науково-дослідній археологічній лабораторії. Науковий керівник – к. і. н., доц. Кедун І. С.
- Центр регіонального вивчення культури Полісся імені Г. В. Самойленка. Науковий керівник – к. пед. н., доц. Забарний О. В.
- Навчально-науковий Центр розвитку інклюзивної освіти. Науковий керівник – к. пед. н., доц. Новгородський Р. Г.
- Центр соціально-педагогічних досліджень. Науковий керівник – к. пед. н., доц. Борисюк С. О.
- Центр гуманітарної співпраці з українською діаспорою. Директорка – Онищенко Н. П.
- Навчально-науковий центр «Польські студії». Науковий керівник – к. і. н., доц. Потапенко М. В.
- Гоголезнавчий центр. Науковий керівник – д. філол. н., проф. Михед П. В.
