Останні 35 років життя трудова діяльність професора Коваленко нерозривно пов’язана з Ніжинським університетом, де повною мірою розкрився науковий і організаторський талант Євгенії Іванівни, де впродовж трьох десятиліть вона успішно очолювала кафедру педагогіки, створила власну наукову школу (підготувала 20 кандидатів педагогічних наук) та головувала у редколегії (1997–2018) фахового видання «Наукові записки Ніжинського державного університету імені Миколи Гоголя. Серія: психолого-педагогічні науки», заклавши міцні підвалини для розвитку педагогічної освіти і науки в Ніжині.
Різнопланові дослідницькі інтереси Є.І. Коваленко, а це: проблеми формування творчої особистості та проблеми ефективності професійної підготовки вчителя, педагогічна спадщина Софії Русової та розвиток школи і педагогічної науки в Україні в ХІХ – на початку ХХІ ст., знайшли втілення в численних наукових працях (понад 300), у виступах на конференціях і симпозіумах. Її вагомий внесок у розвиток української освіти і науки неодноразово відзначався на державному рівні – Грамотою Президії Верховної Ради УРСР (1980) і Почесною Грамотою Верховної Ради України «За заслуги перед українським народом» (2003); знаками МОН України «Відмінник народної освіти України» (1990) та «За наукові досягнення» (2007); медалями «Ветеран праці» (1989), К.Д. Ушинського (2018) і Володимира Мономаха (2021); премією Георгія Вороного (2014), а також Почесними грамотами Міністерства освіти і науки України, Національної Академії Педагогічних Наук України, Чернігівської держадміністрації.
Євгенія Іванівна щиро ділилася своїми глибокими знаннями, педагогічною майстерністю та широким світоглядом зі здобувачами і молодшими колегами, викликала повагу та захоплення тактовністю та людяністю, інтелігентністю та шляхетністю. Коли в уяві кожного з нас з’являється взірець справжнього Вчителя, то перед очима постає образ Коваленко Євгенії Іванівни.
Ректорат, колектив кафедри педагогіки, початкової освіти, психології та менеджменту, колеги та випускники висловлюють щирі співчуття рідним і близьким Євгенії Іванівни та залишать світлу пам’ять про неї у своїх серцях.
